A ver, yo creo que se puede llegar a muchos términos medios en esta vida. Entiendo que no quieras adaptarte a sus costumbres, pero me parece igual de injusto querer que ella se adapte a las tuyas. Tu novio tiene razón en una cosa: son personas de otra generación y no vamos a cambiarlas, así que lo mejor es intentar convivir amablemente con ellas.
Has dicho que preparó un plato «que llevaba pescado», no que te pusiera un pescado en el plato. Pues apartas el pescado y te comes el resto, indicándole amablemente que tú no comes pescado pero que tampoco desprecias el plato que ha preparado. Es la primera vez que comes allí y tampoco te vas a morir por tener un trozo de pescado en el plato por un ratito. Eso es un término medio, ni tú tienes que cambiar tus costumbres de no comer pescado, ni ella las suyas de preparar un plato que lo mismo para ella era todo un honor ponerte en la mesa.
Sobre lo de ir a misa, parecido. Entiendo que pueda ser un poco más complicado para un no creyente, pero tampoco es nada que te vaya a hacer un daño irreparable porque lo hagas una vez, dejándole claro que no va a ser costumbre. Con un «no es mi costumbre, pero si quiere que la acompañe hoy no me cuesta nada hacerlo», bastaría. O con una declinación amable del tipo «si usted quiere la acompaño, pero no me parece respetuoso hacerlo sin compartir su fe». Mejor eso que un «ni de coña», porque entonces la mujer tendrá el mismo derecho que tú a preferir una nuera que entienda sus costumbres.