A ver, por un lado es cierto que la píldora es más segura a la hora de prevenir embarazos (que no ETS), siempre que te la tomes bien y no te la olvides. Quiero pensar que eso es lo que tu suegra comentó con su hijo. Como dices, sois muy jóvenes y es probable que tu chico preguntara dudas a su madre, es de lo más natural. La mujer le dijo algo que es cierto, que la píldora es más efectiva para evitar embarazos.
PERO, y el PERO es en mayúsculas, deja de ser un sistema válido si te sienta mal. El condón es una barrera mecánica, se pone, se quita y no tiene efectos. La píldora es un chute de hormonas que solo sufre un cuerpo, el de la mujer. Si te sientan bien y tú decides usarla (los médicos la recetan para otros temas también, no solo como anticonceptiva), maravilloso. Si te sientan mal, no hay discusión posible: fuera píldora y mejor condón (o DIU, o parches anticonceptivos o lo que sea, pero todo esto también libera hormonas).
Tu suegra tiene todo el derecho a aconsejar a su hijo si éste le pregunta y no le ha dicho ninguna mentira, pero no tiene ningún derecho a menospreciar las consecuencias que la pastilla tiene en tu cuerpo porque es eso, TU cuerpo. Con lo cual, yo lo tendría clarísimo: condón y arreando, como casi todo el mundo. Y si a tu chico no le gusta, adiós muy buenas. A él no le implica un trastorno de salud la píldora y a ti sí, por lo que tienes la última palabra.