Me parece que te estás tomando la situación como un ataque que no es.
Yo me caso en septiembre y la boda va a ser sin niños tb, así lo he comunicado a los invitados y asumiendo totalmente que podía haber personas que no quieran o puedan venir sin niños, y también me parece bien.
Si tu amiga solo te ha dicho que es sin niños y que no puede hacer la excepción porque las demás madres/padres se pueden enfadar, es algo lógico y bien dicho, ya decide tú si puedes y te apetece dejarlo para ir a la boda o si prefieres no ir. Ella lo tendrá que entender y si es tu mejor amiga, seguro que lo entenderá.
Si literalmente te ha dicho que escojas entre ella o tu hijo (que entiendo que eso es una paja mental tuya) mándala a la mierda porque no es tu amiga.
Recuerda que es SU boda, no la tuya, y que se tiene que hacer a su gusto y que seguro tendrá sus motivos para no querer niños. Sería igual de ridículo que ella te dijera que tienes que elegir si ella o tu hijo, como lo es el decir que es algo personal contra ti o tu prole el que no se quieran niños