Yo me he criado con gatos, y mis hijos tanto con gatos como con perros. Ahí no hay problema y los niños crecen con una relación muy sana con los animales.
Por otro lado, el tema de los pises. Lo primero es si el gato está capado. Normalmente cuando los capas se les quita la manía de ir marcando todo. También puede ser que se trate de que la arena no está limpia si el gato es muy especialito (a mí en cuanto la arena está ya algo usada el que tiene 17 años prefiere hacerlo fuera). Prueba a cambiar más amenudo la arena.
Y tu pareja actual. Es un papelón porque si no le gustan los gatos, o les tiene tirria va a ser un continuo discutir. Así que ahí ya eres tú la que tienes que valorar. Aquí te dirán que le dejes y demás, pero al final eres tú quien tiene que decidir si los gatos o tu pareja y padre de tu futuro hijo, porque eres tú la tendrá que vivir con la decisión y las consecuencias de la misma.
Personalmente probaría a negociar con el o ver qué es lo que molesta/odia de los gatos. Y tantearia el terreno, y luego, pues lo dicho, si no hay forma de poder convivir todos juntos, tendrás que decir tú.