No se si le ha hecho algo al perro o no, pero esta claroq ue a tu perro esa chica no le gusta,ya bien sea porque lo trata mal o porque ella ya no le gusta (mala persona, malas vibras, mala actitud).
Busca otro piso o algo, el perro lo esta pasando mal.
Pon una camara a ver si puedes averiguar algo (sin decirla nada a ella claro)

Si el perro reacciona así, por algo será. Son pura energía, creete lo que te esta diciendo tu perro con su lenguaje no verbal. Puede que le pase algo grave, o que me le deje tocado psicológicamente para siempre, y empiece a tener problemas de conducta por otro lado. Pero sobre todo por humanidad, tu perro solo te tiene a ti. No le dejes solo con ella más.

Por favor, saca al perro de esa situación ya!!!

Acusar sin pruebas es muy complicado por lo que yo intentaría grabarla de alguna manera y por supuesto la que se va del piso es ella..
Te puedes descargar un sistema d esos de vigilancia d bebés en una tablet, se la dejas enchufada y yo estaría cerca porque segun lo que vea… llamaría hasta a la policía.
Todo esto hablo con el raciocinio por delante, pero si me pasa a mí con mi perro la reviento a palos.

Uff estoy leyéndote y me está hirviendo la sangre, yo soy súper amantes de los animales, y tengo un perro que para mi es mi familia, y si alguien lo toca, es lo último que hace…. Yo lo dejaría en mi cuarto cuando no esté y pondría alguna cámara para verificar, y si es verdad siendo yo… Que tú compañera corra y se esconda en el sitio más recóndito por su bien, y sino es así, lo llevaría al veterinario. Animo y espero que no sea una desgraciada tu compañera.