Me parece que te estás obcecando con querer verla «como mujer». Deja de intentar que encaje en tu cabeza el concepto «mujer». Sí que te falta deconstruir lo que en tu cabeza significa esa palabra, porque creo que aún tienes estereotipos de género ahí cogiditos. Ella es una persona, se identifica como mujer y estás haciéndolo bien refiriéndote a ella como tal, pero la verdad es que simplemente es otra persona más. Da igual el aspecto que tenga, cómo se comporte o cómo se comporte el resto del mundo hacia ella. Hay machirulos que son gays reprimidos y si tiene rasgos masculinos, más de uno caerá sin saberlo, igual pensando que «esa tía sí me mola a mí». Porque nadie es completamente hetero, absolutamente todo el mundo sabe cuando una persona del sexo que sea le resulta atractiva o no.
Resumiendo, lo estás haciendo bien, sigue por dónde vas, libérate de que ser mujer tenga que significar algo concreto y de que los machitos se tengan que ver todos atraídos por un tipo determinado de mujer (no sé si así escrito ves lo absurdo que suena asumir que todos tengan los mismos gustos).
Y ojo, te puede caer mal esa persona, puede no gustarte su manera de actuar y puedes no estar de acuerdo con ella en cómo hace las cosas. Pero eso no te hace tránsfoba, simplemente tienes valores diferentes a ella como diferirás con tantas otras personas en este mundo. Ánimo ;)