Varias cosas:
Las ecografías son pruebas de deteccion de anomalías en el feto. Saber el sexo del bebé es un añadido pero en ningún caso el objetivo de la ecografía.
En segundo lugar, no entiendo muy bien lo de cosas de niña y cosas de niño. Son bebés, recién nacidos, ¿qué cosas pueden usar solo las niñas o los niños?
Y por último, si hubiera algún problema con los genitales, como genitales ambiguos o que generase duda, os lo habrían comentado. No me preocuparía en exceso por eso, la verdad.