Si ya tenéis una hija con el orden de los apellidos al siguiente no se le puede modificar el orden. O al menos así me dijeron en el registro con mis dos hijas, y una de ellas ni siquiera tiene derecho a aparecer en el libro de familia, pero el orden de los apellidos ha de ser el mismo para ambas.
Yo no le daría tanta importancia a lo del apellido, ponle el nombre y listos. La gente te suele llamar por tu nombre, no por tu nombre + apellido. Y si se tienen que meter con él será por mil cosas más, ningún niño se libra de burlas.