Soy maestra.
Te describo una escena tipo que suele funcionar.
Ves a dirección más cabreada que una mona, exiges que estén más pendientes de lo ocurrido y que ya te has puesto en contacto con inspección (te lo sacas de la manga). Y que sí o sí, este niño y tu hija no van a ir más juntos a clase, que lo cambien a otra clase y que en toda la escolaridad sea así. Y que no se te olvide decirles que en actividades donde se mezclen los niños (ambientes, rincones, etc.) que tampoco coincidan.
Esto lo sueltas de golpe, que no te interrumpan. Luego te hablarán ellos calmando la cosa, con un «te entiendo, y tú has entendido todo lo que he dicho, no?».
Con estas situaciones se suele comentar al tutor y coordinador de ciclo y se tiene muy en cuenta, cuando se hace cambio de ciclo el tutor o coordinador, también traslada está información para los cursos superiores.