No conozco la legislación al respecto pero seguramente el colegio tiene más experiencia en estos casos y ha optado por lo que le mande alguna normativa.
Cada uno tenéis un grado de autonomía en la educación de los hijos. Tu ex ha tomado su decisión. Como te digo no sé si el colegio «le apoya», como tú dices, o si simplemente aplica una ley. Tú también puedes tomar tu decisión y llevarlos a la catequesis de la parroquia, hacer que hagan la primera comunión, etc.
Y si también os vais a pelear por eso tendréis que ir al juez, que seguramente os daría la razón a los dos, dejaría que fueran a la parroquia, comunión, etc. y no darían religión en el cole.