La IA te haciendo dos cálculos que son complementarios, cuando haces una amortización parcial, va directamente a reducir capital, y se recalcula el cuadro de amortización, no afectando al tipo de interés. La comisión de amortización Se suele sumar al capital pendiente,es decir te cobran por ejemplo, 5050euros, si la comisión es del 1%.
Se pueden dar dos casos, mantener el vencimiento, reduciendo cuota o bien, reducir el vencimiento, manteniendo la cuota.
Si la cuota que pagas, es cómoda, creo que debes valorar reducir plazo, que es lo más interesante para pagar menos intereses a la larga.
Saludos.