Si, es una falta de respeto. Es su celebración y si la quieren por la iglesia, ellos sabrán. No van a hacerla a tu gusto. Si no te gusta, no vayas, pero no andes haciendo desprecios, que quedas como una niñata.
Yo también soy atea y me la suda el cura, el del ayuntamiento o el del registro civil que oficie la ceremonia, voy a celebrar con la pareja, que es lo importante.