Tu lo has dicho «según él…» infórmate por tu cuenta a ver si de verdad la gente de ese instituto saca unas notas de escándalo y realmente os puede convenir… pero vamos, o tu hijo es un cerebrin muy responsable, o me parece superraro que un chaval de 16 años quiera cambiar de instituto y separarse de sus amigos ¿no será que tiene alguna novieta o superamigo que va a estudiar allí, o que tenga problemas de integración y te está vendiendo la moto?
En cualquier caso, al menos en mis tiempos, la nota de la PAU se componía de un 60% de la de bachiller, así que estar en un instituto con un nivel regulero conviene para sacar un buen expediente. Luego, si quiere mejorar de cara al examen, lo puedes llevar a clases particulares enfocadas a preparar la PAU.