Para emepezar, cada uno somos libres de tener nuestras creencias y que este chico sea católico, vaya a misa y quiera ir al encuentro con el Papa a ti personalmente ni te va ni te viene ni te tiene que preocupar o importar (mientras no te obligue a nada). Si el tema ya es el futuro con boda e hijos, pues al hilo de lo que él te ha comentado supongo que ya sabrá que tu eres atea. A partir de ahí y cuando sea oportuno tendréis que hablar de como quereis casaros y sobre los futuros hijos. Es cuestión de poneros de acuerdo. Tengo un amigo por ejemplo que es ateo, su mujer católica (tampoco de ir a misa) y han bautizado a sus dos hijos.
Lo importante, al margen de la religión, es que sea buena persona, te trate con respeto y colabore en la casa en igualdad de condiciones.
PD El catolicismo, al menos en la actualidad, no es precisamente la religión mas machista que existe.