El cacaolet que tienes en la cabeza no te lo quita nadie.
Para empezar:
1. «descubrí por Facebook a través de mis habilidades de stalker que él en realidad nació siendo mujer». Tu colegui no nació «siendo mujer», tu colegui siempre ha sido, y es un hombre. Y ya.
2. «Y no es que me moleste». Es que, ¿me explicas por qué debería de molestarte? Es que flipo con que te PLANTEES siquiera que PARA TI eso debe ser motivo de «molestia». Y ya no hablamos de ese «lo sigo queriendo exactamente igual», porque vaya… todavía te creerás que te tiene que dar las gracias por ello.
3. «Y algo así me llegué a imaginar ya que aparentemente se ve que es hombre pero tiene rasgos femeninos». Aparentemente no es que sea hombre, ES QUE ES UN HOMBRE. FIN. Sin más.
Y chica, por último… dices que te contó en confianza que tiene pene. Pues muy bien. Yo creo sinceramente que tu amigo está convenciendo cien por cien que tú ya sabías que él es trans, porque sino, tú hubieras dado por hecho de que es un hombre cis, y que por tanto, tiene polla y ya. Sin más. Pero él al tener que confirmar(telo) te ha confirmado también, que es trans. DIGO YO.
De resto, me revisaría un poco la transfobia (que todas la tenemos interiorizada).