Hola!
A mí me pasó igual. Soy atea y apostaté sin que mis padres lo supieran y mi hermana me pidió que fuese madrina de mi sobrina y acepté. Ser madrina no tiene porqué ir vinculado hacia una educación religiosa ni mucho menos! Los trámites los realizó mi hermana, ojo, yo a ella sí le dije que apostaté, y me dijo que si me pedían la fe de Bautismo ya la adjuntariamos nosotras porque yo la tengo guardada y no le pidieron nada ni yo tuve que firmar nada. Lo que te recomiendo es que tu hermano vaya tan normal a hacer el trámite y enteraos bien de lo que necesitais, si el cura decide no bautizarla porque tu no perteneces a la iglesia, habla con tu hermano para bautizarlo en otra iglesia u otro pueblo…
Espero haberte ayudado!
Un saludo! :)