Respuesta a: Quiero entenderlo, pero no puedo.

Voy a intentar arrojarte un poco de luz. Te hablo como madre separada.
No dices ni la edad del niño ni el motivo de la separación ni la relación que tienen padre e hijo, eso son datos importantes. Tampoco dices si el niño te conoce.
Por parte de tu pareja, piensa que lleva 2 años sin ver a su hijo, supongo que hablarán por videoconferencia, pero no es igual que estar juntos en persona. Querrá aprovechar al máximo el tiempo con él y que tú estés por ahí no le va a dejar disfrutar porque estará pendiente de que tú te sientas bien.
Por parte de su ex, va a estar pensando en su hijo, y es probable que no le siente nada bien que si el padre de su hijo lleva 2 años sin verle se presente de repente con otra mujer y no piense en su hijo, en lo que puede suponer para él. En serio, si el padre de mi hijo llevase 2 años sin verlo me sentaría fatal que se presentase con otra mujer y no le dedicase el 100% de su tiempo, sobre todo si no sabe cuándo va a volver a verlo.
Y lo más importante, el niño. No dices qué edad tiene. No sabes si para él va a ser extraño estar con su padre porque no lo recuerda, cuando más si encima se presenta con una extraña. No sabes si el niño quiere estar sólo con su padre y te va a ver como una intrusa. Igual quiere dormir con él todos los días y tú serás una molestia. O a lo mejor quiere estar con su padre y con su madre y ahí tú sobras.
Además dices que vuestra relación es complicada. Antes de presentar una pareja nueva a un niño hay que estar muy seguro de que la relación es sólida, bastante tienen los pobres como para andarles mareando con cada pareja nueva de sus padres.
Si quieres a tu pareja, apártate y apóyale. No sabe qué se va a encontrar y tu presencia allí sólo le va a dar quebraderos de cabeza, por él, por su ex y por el niño. Sé que te duele, pero piensa en el niño, que es lo más importante de la historia.