Yo sólo te digo que si te paga parte de la hipoteca y luego puede demostrarlo, con la separación puede reclamarte el dinero tanto en ese momento como a la hora de vender el piso.
Vamos, yo creo que en esos casos lo mejor es que te libere carga. Es decir, que no pague hipoteca (ni gastos derivados tipo IBI) pero sí por ejemplo que en vez de pagar comida a medias, él se haga cargo de todas las compras y de la luz (depende de lo que gane). Así ambos aportáis de forma proporcional en la economía familiar y podéis ahorrar por vuestra cuenta, sin que uno cargue mucho más y la otra parte viva a su costa, ni sin que haya luego problemas legales si lo dejáis.
Desde luego, si le cobras un alquiler finalmente, asegúrate de hacerlo todo legal y por escrito para que luego no haya malentendidos.