Mira, te voy a decir lo que pienso yo. Entiendo que no quieras mezclar amor con negocios y que quieras hacer las cosas «bien hechas», pero al fin y al cabo es tu novio, ¿no puedes «perdonarle el alquiler»? Si dentro de un tiempo cortais, él se va y tú te quedas con tu casa, como si no hubiera pasado nada. Además si él vive a 60 kms, también está haciendo un esfuerzo al trasladarse a tu ciudad, una cosa por la otra.
También podrías decirle que si no aporta al pago de la hipoteca, podéis acordar que él nunca figure en la escritura de la casa como propietario (ni siquiera aunque paséis toda la vida juntos y os hagáis viejecitos en esa casa) puesto que nunca ha aportado nada de hipoteca.
Otra opción es que no pague hipoteca pero pague por ejemplo los recibos de la comunidad de vecinos o el impuesto del Ibi todos los años que él viva allí. O también que pague las facturas de las reparaciones que pueda haber en casa (averías de electrodomésticos por ejemplo) ya que no paga hipoteca porque no es propietario pues que pague reparaciones por el uso y desgaste que hace de la casa y de sus electrodomésticos y muebles.
Creo que hay muchas formas de llegar a un acuerdo sin necesidad de crear un problema entre vosotros.