No tengo hijos, pero por lo que he trabajado en el psicólogo en temas similares, es algo habitual. La vinculación que se crea con las personas no es la misma, ni siquiera cuando se habla de hijos.
Sin embargo, creo que ese sentimiento puede estar más movido por cómo fue el inicio de la relación con tu hijo que por otra cosa. Me parece que sería importante trabajarlo en terapia, por tí y por él.
Además, comparar no es positivo, porque tus hijos no tienen porqué ser iguales, y no se pueden comparar ni los tiempos de crianza, ni la situación de cada uno porque las circunstancias en las que nacieron son distintas. Creo que es injusto para ambos.
En resumen, un apoyo profesional podría ser muy positivo.