Yo creo que cualquier conversación con cierto valor es mejor tenerla a la cara que por teléfono. Pero tú plantéate cómo preferirías que te contase él algo así y si ves que no te importaría que fuese por teléfono, pues es una opción. Al final, esto es algo íntimo tuyo (por mucho que ls afecte a los dos) así que hazlo como te sientas más cómoda.
Al final, si él es alguien con quien quieres estar y al que quieres, cuéntaselo con confianza y con la naturalidad que merece.
«Oye mira, sé que me has dicho que no te importa pero me preocupa que esto sea un problema en el futuro pero me pasa esto y no sé muy bien cómo afrontarlo y solucionarlo y quería hablarlo contigo». Y de ahí vais tirando para delante en la conversación.
Lo importante es que tú estés cómoda y 100% segura de que lo quieres hacer, teniendo eso claro, todo lo demás pasa a un segundo plano de importancia.