Pero porqué te molesta exactamente? Por su actirud, su presencia?
Me da la sensación de que estás pasando una mala racha y lo ‘pagas’ con tu novio. Yo también me siento así algunas veces y procuro buscar ratos a solas (más aún ahora que estamos los dos en casa, y necesito mi espacio). Pero si no te está haciendo nada malo en concreto, sé paciente y trata de descargarte con alguna actividad que te guste.
En cuanto a los problemas con el sexo, como me falta más contexto para opinar, no sabría qué decir, más allá de que los hables con él y tratéis de trabajar en ellos.