No estás de acuerdo en que biológicamente vayas a tener un niño? Pues siento decepcionarte pero la biología no es cuestión de opiniones. Si tiene pene es macho, si tiene vagina es hembra, opines lo que opines. O si no cuando sea mayor, prueba a llevarle a una ginecóloga, a ver qué pasa.
Otra cosa es que quieras educarle de forma neutra, sin marcar roles de género, que eso me parece fenomenal. Hacedle saber que cuando sea mayor le apoyareis, independientemente de lo que decida ser y enseñadle a vivir en igualdad.