En el colegio / instituto se aprenden muchas más cosas que los contenidos de cada asignatura. Deberías plantearte qué otras cosas hace tu hijo. Es decir: dices que este sistema educativo no es para él. ¿Qué hay que sí sea para él? ¿Hay algo que le guste y a lo que dedique tiempo y esfuerzo? Tocar un instrumento, hacer un deporte… Lo que sea. Por mi trabajo veo a muchas familias así, que tienen un problema similar al tuyo y me cuentan que su hijo es listísimo pero no encaja en el sistema, y la mayoría de las veces la realidad es que el hijo, cuando no está en el colegio, está levantándose tarde, tirado en el sofá o jugando al móvil / PC / consola, o sea, que carece de inquietudes y de capacidad de esfuerzo. Si éste es el caso, no lo dudes y oblígalo a seguir las clases y supervisa su estudio.
Otra cosa importante que todos aprendemos en el colegio es a responsabilizarnos y a tolerar la frustración: estudiar cosas que no nos gustan, seguir horarios fijos, recibir suspensos o notas que no nos gustan y encajarlos de la manera adecuada, anotar las tareas en una agenda y llevar los exámenes y los deberes al día… ¿Está tu hijo adquiriendo esas habilidades al margen del colegio? ¿Tiene responsabilidades, colabora en casa, se ve obligado a hacer cosas que no sean de su agrado (limpiar el polvo, fregar los platos…)?
Con 15 años debería tener claro que él no manda en casa. En mi opinión, no deberíais decirle que sí a todo simplemente porque es lo que le apetece. Deberíais, al menos, negociar con él, en los términos que consideréis convenientes. Dado que debe seguir ahí hasta los 16 años, podéis ponerle como condición que apruebe 2 asignaturas, sean las que sean. O que, si no va a estudiar las materias del instituto, se saque algún título de inglés, enfrentándose al examen correspondiente. Y, por supuesto, que colabore en casa.
Ánimo y suerte.