Hola!
Poco te puedo ayudar porque conozco a varias parejas que han hecho lo mismo, casarse por lo civil y bautizar por la iglesia. O incluso parejas que no están casadas, también bautizar a la criatura en la iglesia.
Si tienes suficiente confianza, pregunta a tu hermano, pero en tono de curiosidad, calmada, no que note que para ti es una sorpresa todo el asunto. Yo es lo que haría y lo que he hecho con amigos que lo han celebrado así.
Saludos!!