Quizá haya motivos por el que tu padre ha ido sacando el dinero aunque me parece feo que no te dijera nada con anterioridad porque, como ha sido el caso, tu contabas con un buen montante en esa cuenta .
Veo poco probable que puedas recuperar el dinero y quizá lo conveniente sería cambiar la cuenta bancaria para recibir la pensión en una cuenta que tú sola controles. Se puede hacer por Internet, es muy fácil.
También creo que deberías hablar con tu hermano porque si él tampoco controla la cuenta, su dinero tampoco estará ahí. Quizá él sepa algo de la situación de tu padre, de los motivos que le han llevado a tomar el dinero.