Que la nena hablé así de su prima es porque lo aprendió de sus padres. Los niños tan pequeños no suelen sentir ese rechazo por amigos/compañeros/primos/etc.
Tendrías que hablarlo con tu hermano y su mujer, comentarles que te quedaste preocupada porque tu sobrina te dijo tal y tal cosa sobre tu hija. Lo importante es aclararlo con ellos y que entiendan que no es una enfermedad.
Soy madre de una nena autista de 4 años y yo misma soy autista. Porque no tenemos familia cerca, pero soy consciente de que puede pasar algo así, y voy preparando a mi hija para que entienda que no le podemos gustar a todos y que tenemos que ser como somos, no cambiar por nadie. Ojalá lo puedas solucionar pronto.