Si hay código de vestimenta, no tienes nada que hacer, tienes que aceptarlo o cambiarlo de colegio. Normalmente en los públicos no hay o hay uno muy laxo, es más común en privados y concertados.
Pero si no hay código de vestimenta, ya pueden decir lo que quieran, no te pueden obligar a sacarlo y mucho menos expulsarlo porque lleve falda. Estate tranquila, es tan simple como eso.
También puedes explicarle al nene que la falda mejor para el finde, no creo que tampoco le suponga ningún trauma.
