Que entre en la iglesia del brazo de ambos, él en medio, y que sea el testigo, que también es un «cargo» (supongo que por eso lo del «padrino», porque si os casáis por lo civil es méramente anecdótico).
Tú si quieres que el padrino sea tu padre, no cedas. Nadie tiene la culpa de que tuvieran solo varones.
También, si queréis tener hijos, puedes ofrecerle la opción de ser el padrino del primer bebé y tú elegirías la madrina.
¡Suerte!