Ponle un empalador en la cama y ya está. Si tienes algún tipo de preocupación puedes consultarlo con el pediatra y os dirá si hay algún problema de fondo o sí es normal.
Yo no recomiendo levantarlo a mitad de la noche para ir al baño, eso puede alterar los hábitos del sueño. Además al despertarlo se está interrumpiendo su descanso, y un descanso sin interrupciones es mucho más sano.