Es normal que estés incómoda, y a mi parecer no exageras para nada. Habrá gente a la que le da igual que se masturben a su lado, pero es igual de válido que si te molesta.
No se cual es vuestra situación, pero yo propondría dormir en habitaciones separadas hasta que a él se le pase la época de tocarse a media noche. Es que ni siquiera es solo que se toque y te incomode, que ya me parece de ser un desconsiderado si le has dejado claro que no te gusta que lo haga delante de ti, es que no te deja descansar en una época que lo necesitas POR ENCIMA DE TODO. Si llevas mucho estrés el sueño es súper importante, y el tío está ahí dando que te pego.
Ponte (o ponle) un colchón en otra habitación (tal vez le puedes pedir una cama a un familiar o amiga, aunque sea por una temporada) y cuando se le pase que vuelva a la cama de los dos.