No estoy de acuerdo con tu postura.
Eso de dejar que el niño elija cuando sea mayor es una utopía, ¿acaso le vas a hablar de religión para qué elija?, no, ¿qué va a elegir si no conoce?.
Respecto al bautizo, si tu marido es creyente lógico que quiera bautizar a su hijo, que también es suyo y mientras a ti no te haga mal no veo el problema. Tú no tienes ni que entrar en la Iglesia.
Lo ilógico es que siendo atea te casaras por la iglesia porque eso requería un consentimiento y una actuación por tu parte mientras que el bautizo no. Y en eso cediste según tú por hacer feliz a tu marido pero ahora con tu hijo, que es tuyo, resulta que te niegas en redondo. Eres una incongruente.