Puede que cuando tengas la regla, parte de la «sangre» que expulsas, se quede sin salir. Cuando la sangre se queda dentro, se oxida y se vuelve marrón. Quizá en el momento del ciclo que tú flujo es más espeso tiene más fuerza para arrastrar esos restos y por eso sale de ese color.
Si me estuviera pasando a mi es lo primero que pensaría, la verdad.
Que te haya mandado al ginecólogo es lo más normal porque el médico de cabecera no puede mirarte nada ni es su especialidad, no porque crea que tienes algo grave.
Espero que no sea nada y sobretodo, tranquila!