No le van a quitar las ayudas a ella porque esos niños legalmente no tienen padres. Son sólo de la madre y ese señor no tiene ningúna obligación legal porque no tiene ninguna relación legal con esos niños. Por mucho que se sepa que es el padre en las ayudas no cuenta la realidad social sino la situación legal y documental
Y afectos de violencia de género da igual que estén casados o no.
El consejo de llamar al 016 para asesorarte no está mal. De todas formas también me parece buena idea hablar con su maestra de la escuela a ver si ella considera comveniente hablarlo con dirección o jefe de estudios.