Yo creo que si los tres tenéis una relación estable (y parece que es el caso), deberíais hablarlo juntos. Al final, la decisión de tenerlo o no es tuya, pero estaría bien que supieras cuál va a ser la implicación de tus parejas.
Si los tres queréis tenerlo, yo creo que saber quién es el padre biológico es lo de menos, porque padres van a ser los dos. Lo único algo problemático sería el momento de registrarlo, porque sólo va a poder aparecer el nombre de uno de los padres.
De verdad, háblalo cuanto antes con ellos. Si os queréis de verdad, te vendrá bien su apoyo sea cual sea la decisión que tomes, ellos van a estar ahí.