Buenas! Mi hermano está en la misma situación, recién separado y con la comunión del niño en mayo. Nosotros lo celebramos por separado, en la iglesia todos juntos pero como ese finde le toca a mí hermano nos vamos a comer ese dia, y la semana siguiente lo celebra con su madre en el pueblo.
Yo evitaría situaciones incómodas por mucho que el niño quiera que esté toda la familia y lo que quiera tu ex te debe importar poco poco.