Has probado a hablar con la orientadora de tu instituto o con la directora? En los ciclos suele haber normas muy estrictas sobre la asistencia a clase y se aplican a todos por igual, independientemente de la edad que tengas. Yo en tu lugar intentaría hablar con la orientadora/jefe de estudios/directora del centro y ver si puden hacer algo en tu caso.
La verdad es que me parece una tontería esto del control de la asistencia a clase. Como tú dices, si alguien tiene una gripe y tiene fiebre digamos un día, no hace falta ir al médico para saber que estás mal y no estás en condiciones de ir a clase. A veces las normas lo único que hacen es complicarnos la vida.