ufff, es un problema la verdad, por que son dos posturas super respetables ambas y que atañen demasiado a los sentimientos individuales de cada uno.
Deberíais hablar con mucha calma y analizar que educación quereis darle de aqui a unos años. Imponer a otro una religión puede ser igual de doloroso que impedir vivir esa religiosidad. Lo primero tener claro que ambos tenéis derecho a educar en vuestros valores a vuestro niño, y eso puede ser incluso algo bueno. Que tenga puntos de vista diferentes para poder pensar mejor cuando sea mayor y decidir por si mismo. Que tu puedas transmitirle tu religión pero tu pareja pueda igualmente transmitirle su ateismo/agnosticismo.
Otro problema diferente es ya el centro educativo, que si que tenéis que poneros de acuerdo. Yo intentaría más buscar por la calidad del centro (independientemente de si es religioso o no), hacer una lista de los que os gustan e incluso visitarlos y ahi decidir entre los dos cual os convence más. Si educativamente es mejor uno religioso no creo que tu pareja se oponga demasiado y si es uno no religioso esa educación se le puede dar fuera de la escuela y no pasa nada.
En cuanto al bautizo, eso ya es otra historia por que también implica además un gasto de dinero importante y seguramente no te plantees dejarle absolutamente al margen ni de gastos ni de organización o incluso que no acuda. y que aunque a algunos nos parezcan «sacramentos vacíos» el bautismo infantil es un acto de bienvenida a la Iglesia en la que, además, los padres y padrinos se comprometen a educar al niño dentro de la Iglesia, por lo que entiendo que a alguien que no va a cumplirlo le parezca una hipocresía como me lo parecería a mi. Igual que casarse por la Iglesia si luego no vas a cumplir sus preceptos ni ir a misa. Pertenecer a la Iglesia y ser religioso no son exactamente lo mismo.
Pero un debate como este creo que os resultará una buena piedra sobre la que empezar a construir la familia que acabais de formar (y que ha llegado como ha llegado y está igual de bien que cualquier otra forma)