Hola bonita:
Todo lo que estás experimentando es normal, todos los miedos, los sentimientos encontrados y todo el caos. ES NORMAL y se supera, palabra.
Mi consejo (en el plano legal) y en base a lo que veo día a día es el siguiente:
Puedes coger tus cosas (y las de los niños) e irte pero has de tener en cuenta (como dices) el tema escolar del de 3 años. O bien esperar a que acabe o bien hablarlo con el centro, para que sepan que pasa. Además aunque puedas irte de la noche a la mañana y aprovechando que él no esté en casa (cosa que entiendo) lo que sí que has de hacer es notificarle (con un simple whatsapp con confirmación de lectura, una carta con acuse de recibo, un burofax…) que deseas finalizar la relación y que en tanto no se solucionen las cosas por la vía legal, los niños van a estar en «tal» sitio, indicándole la posibilidad de verlos (en presencia tuya, de tus padres o mismo en las dependencias de servicios sociales de otro municipio). Así evitas que pueda denunciarte por el tema de los niños.
Lo que sí, tan pronto hagas esto hay que solicitar un procedimiento de medidas (o incluido en el divorcio, desconozco si estáis casados). Sí que es cierto que aunque ambos trabajéis, el hecho de que uno de los niños tenga 7 meses, condiciona bastante el hecho de que la custodia te la den a ti, puesto que aun se considera lactante y el otro niño, por la edad que tiene y por el hecho de ser hermanos, no van a separarlos ni nada por el estilo. En todo caso también depende mucho del informe psico-social y de los horarios de ambos progenitores.
Así que nada, de momento poco a poco y consulta con tu abogado los pasos a seguir.
Un besiño grande y toda la fuerza del mundo <3