Hola!
Yo también veo super normal que el tío de la niña se la suba a las piernas para contarle cuentos, jugar con la tablet… Sobretodo si no hay ninguna otra conducta que te pueda mosquear (que tengan secretos, que quiera quedarse solo con ella, que la niña esté muy callada o incómoda…).
Y yo si considero que el novio de la tía es el tío, sobre todo si es una relación estable y consolidada, lo cual no dices. Mi tía politica es mi tía, y mi novio es el tito de nuestras sobrinas aunque no compartan sangre. Es más, para lo que tú temes, da igual que compartan o no sangre, porque hay muchos casos de familiares directos que han abusado de los niños de su familia. Por lo tanto que sea tío de sangre o no, no me parece tan relevante.
A pesar de todo lo anterior, si a ti que eres su madre no te gusta, pues no te gusta y punto. Simplemente dile que estás enseñando a la niña a que no se suba encima de la gente, como algo general, para que aprenda a decirle que no a desconocidos y a proteger su espacio personal, y que claro, si lo hace en casa o con familiares, cuesta más enseñarle. Yo no le diría que no quieres que él se suba a la niña al regazo como algo directo contra él, sino como algo más generalizado.
Al final te estás preocupando por hija y protegiéndola, y eso esta bien, pero intenta ser muy diplomática y franca, habla con el corazón sin acusar de cosas o dejar entrever sospechas raras sin ningún indicio, porque si no vas a causar un conflicto familiar muy grande.
Ánimo y suerte!