No seria exttaño que tu cuñada lo use para tener algún ingreso extra, sobretodo si dices que no vivis alli. Si tienes confianza con alguna vecina, yo les preguntaria si han visto o ha oido algún ruido extraño en el piso.
De.todas maneras, la.opción de decirle que te deje las llaves que las has perdido y que vais a cambiar la cerradura, por si acaso,.es una buena idea.
Suerte!