Yo estudié en La Salle y a pesar de tener religión, celebrar las fiestas católicas y acudir a misa un par de veces al año en horario escolar, tengo que reconocer que la educación era bastante inclusiva y respetuosa.
El profesor de artes plásticas era abiertamente homosexual, y uno de los pasillos más grandes que había en el colegio (el de entrada a las clases) era exterior, con columnas a ambos lados y estaban pintadas con los colores de la bandera LGTB por iniciativa de este profesor, sin dramas ni problemas.
Si eso es lo que te preocupa, puedes hablar con el tutor de tu hijo sobre el tema.
En mi curso había varias familias que no eran católicas, el profe lo sabía porque habían hablado con él y llegaron a acuerdos que yo desconozco ni me importan acerca de la asignatura de religión.