Primero: Si no lo he entendido mal, la parte de arriba sigue siendo de tus padres, a menos que le hayan traspasado la propiedad de esa parte haciendo la correspondiente división, etc, por mucho que tu hermano haya hecho arreglos y reformas. También hay quien hace mejoras en pisos que están de alquiler. Con lo cual ¿qué narices de permiso te tiene que dar tu hermano como si fuera el propietario?.
Segundo: Si esa parte sigue siendo propiedad de tus padres, son ellos los que en todo caso te tienen que dar permiso para vivir allí. Los dos, porque tu madre no querrá no se sabe el motivo, pero desde el principio tu padre dijo que serías tú la que viviría allí y luego donde dije digo digo Diego. Si sois dos hermanos, tu hermano ya la ha disfrutado y se ha ido a vivir con su pareja, justo es que ahora te independices tú y utilices esa parte para vivir igual que ha estado haciendo él. Lo contrario, por mucho que los padres puedan hacer con sus propiedades lo que quieran, es privilegiar a un hijo sobre el otro sin motivo y eso no es justo.