Un dato importante es la edad actual. No es lo mismo 8 años que 15, ya que a los primeros les queda mucho juntos y rs fácil hacer nuevos amigos, que a los 15 donde en breve es posible que elijan bachilleratos diferentes y que los amigos ahi son importantes.
Otra cosa que he oido mucho en esto es que los hermanos yendo a la misma clase no desarrollan bien la personalidad individual, siendo habitual que uno de ellos sea el «dominante» (por eso se suele separar en clase a los hermanos cuando se puede).
En mi opinión, si tienes opción de separarles, quizas les haga bien en varios aspectos.
Podrías hablar con los profes a ver cómo lo ven.