Veo perfectamente normal tu preocupación. Por algo existen puertas, por algo tienen el resto de la semana para hacer cosas.
Probablemente el pequeño haya dicho besos porque no tiene ni idea de qué es el sexo, recordemos que tiene cinco añitos. Viniendo de padres separados comprendo perfectamente que ella quiera saber con quién pasa el tiempo su hijo, imaginaos que un día se va a dar una vuelta y se encuentra al pequeño con una señora que no ha visto en su vida, pero ni rastro del padre. ¿No tendríais un ataque de nervios? Pues lo mismo, y si es un rollo qué. ¿El padre queda con ella cuando tiene a su hijo? Sobretodo cuando el finde estaba más que planificado, por lo menos es lo normal.
En resumen, has hecho bien en pedirle explicaciones al padre, es lo más normal.
No estoy diciendo que no pueda besarse, por supuesto. Faltaría menos, pero también podría esperar a que fuera de noche y con la puerta cerrada asegurándose de que el pequeño no viera nada.