Creo que no has hecho nada malo, pero entiendo a tu amiga, ella tiene esos sentimientos y tampoco los puede evitar, y seguramente sea duro veros juntos.
Necesita cicatrizarlo y eso puede llevar meses o años o el tiempo que necesite.
Es su decisión si quiere pasar eso o no y tu solo puedes respetarlo. Porque aunque no tuvieran ninguna relación y él se lo dejara claro, ella los sentimientos los tenía y no puede dejar de tenerlos porque esteis juntos.
Solo te queda esperar y que el tiempo determine si vuestra amistad puede superar esto o no. Aunque sea una mierda, es asi.
Te mando mucha fuerza y suerte!