Hola! Aquí una odontóloga al habla :D!
No es normal que tengas tantas molestias al usar la férula! Si te despiertas peor de lo que te acuestas algo raro pasa. Probablemente hayas desgastado más un lado del otro y, como bien dices, se haya desajustado.
Vuelve a pedir cita con tú odontólogo sin miedo ni vergüenza y que te la revise y ajuste. Normalmente con cuatro retoques vuelve a estar como al principio. Es frecuente que se vaya desgastando así que es importante que la lleves a todas las revisiones y que le echen un vistazo.
Saludos, espero haberte ayudado!