Independientemente de perro o no perro, tu hermana no le está haciendo ningún bien al niño con tanta desinfección. Los niños deben exponerse a todo tipo de situaciones (razonables obviamente) para inmunizarse. Supongo que no le llevará al parque para que no se manche con la arena ni se siente en el suelo ni lo llevará a la guarde para que los demás niños no le peguen nada. Creo que está creando un foco de alergias e intolerancias pero bueno, ella sabrá.
Con respecto al perro, si no entiende que no quieres que esté encerrado, yo no lo llevaría más a casa de tu madre. Si te vas de vacaciones, déjalo con algún amigo o busca un cuidador de confianza. Es una putada tener que pagar por ello pero el bienestar de mi perro está por encima de mi economía y encerrarlo NO es una opción. Con lo bonito que es ver niños y perros creciendo juntos…