Es bastante frecuente que personas que empiezan con la píldora muy jóvenes por desajustes menstruales en realidad tengan un SOP (síndrome del ovario poliquistico), cuyos síntomas típicos incluyen el hiperandrogenismo, y que al estar regulado con la toma de los anticonceptivos, este se manifieste una vez se dejan de tomar.
Tampoco se puede satanizar la píldora. Es un medicamento como otro cualquiera, con sus efectos beneficiosos y perjudiciales, y hay a quien le va bien y a quien no.
Por otro lado, no sé si es tu caso, pero el sobrepeso influye negativamente en casi todas las enfermedades conocidas, y en esta más. La grasa aumenta los estrógenos, por lo que se producen alteraciones hormonales y es por esto que muchos de estos problemas mejoran con la dieta, el ejercicio y el normopeso.
Si tu peso es el adecuado, entonces habrá que seguir investigando qué te pasa. De todas formas me parece curioso que no le hayan dado importancia a la prolactina. Salvo que tomes alguno de los medicamentos que pueden provocar su elevación en sangre.