Es relativamente sencillo de entender, la subvención te la dan para algo en concreto (una obra, una compra de mobiliario, materiales, etc), y tienes que acreditar que vas a usar la subvención para eso, y eso se hace con un presupuesto o una factura proforma.
Luego cuando hagas la declaración o presentes el IVA del trimestre tienes tienes que presentar la factura del pago y demás.
Las subvenciones se entregan para algo en concreto, y todas funcionan así, las becas funcionan igual, te apuntas al curso que sea y luego pides la beca.
De todas formas eso te lo tiene que explicar el gestor, y en las condiciones de la subvención tiene que venir esto.